বৈষম্যবিরোধী ছাত্র আন্দোলনের সময় গৃহকর্মী লিজা আক্তারকে গুলি করে হত্যার অভিযোগে রাজধানীর রমনা মডেল থানার মামলায় গ্রেপ্তার হয়েছেন একাত্তরের ঘাতক-দালাল নির্মূল কমিটির উপদেষ্টামণ্ডলীর সভাপতি শাহরিয়ার কবির।খালেদা জিয়ার সরকার ক্ষমতায় আসার পর ২০০১ সালের নভেম্বরে শাহরিয়ার কবির গ্রেপ্তার হয়ে জেল খাটেন। আওয়ামী লীগ সরকারের আমলেও তিনি গ্রেপ্তার হন। স্বাধীনতা সংগ্রামে অংশ না নিলেও গত ১৫ বছরে বীর মুক্তিযোদ্ধাদের চেয়েও তিনি বেশি মুক্তিযোদ্ধা সাজতে চেয়েছেন বলে অভিযোগ বঙ্গবীর কাদের সিদ্দিকী ও ডা. জাফরুল্লাহ চৌধুরীর।
খালেদা জিয়ার সরকার ক্ষমতায় আসার পর ২০০১ সালের নভেম্বরে শাহরিয়ার কবির গ্রেপ্তার হয়ে জেল খাটেন। আওয়ামী লীগ সরকারের আমলেও তিনি গ্রেপ্তার হন। স্বাধীনতা সংগ্রামে অংশ না নিলেও গত ১৫ বছরে বীর মুক্তিযোদ্ধাদের চেয়েও তিনি বেশি মুক্তিযোদ্ধা সাজতে চেয়েছেন বলে অভিযোগ বঙ্গবীর কাদের সিদ্দিকী ও ডা. জাফরুল্লাহ চৌধুরীর।
২০১৩ সালের ২০ আগস্ট শাপলা চত্বরে হেফাজতের সমাবেশে গুলি চালিয়ে গণহত্যার অভিযোগ দেওয়া হয় আন্তর্জাতিক অপরাধ ট্রাইব্যুনালের তদন্ত সংস্থায়। সাবেক প্রধানমন্ত্রী শেখ হাসিনা, সাহিত্যিক মুনতাসির মামুন, গণজাগরণ মঞ্চের মুখপাত্র ইমরান এইচ সরকারসহ ১৯ জনকে আসামি করে এ অভিযোগ দাখিল করা হয়। সেই মামলায় অন্যতম আসামি শাহরিয়ার কবির। ধানমন্ডির আন্তর্জাতিক অপরাধ ট্রাইব্যুনালের তদন্ত সংস্থা কার্যালয়ে আইনজীবী গাজী এম এইচ তামিম এ অভিযোগ দাখিল করেন। গত ৫ আগস্ট যাত্রাবাড়ীর কুতুবখালীতে শিক্ষার্থী ইমরান হোসেনের মৃত্যুর ঘটনায় দায়ের হত্যা মামলার আসামি তিনি।
আওয়ামী লীগের পুরো আমলে জামায়াত-শিবিরসহ ইসলামী রাজনৈতিক দলগুলোর বিরুদ্ধে বিষোদগার করেছেন শাহরিয়ার কবির। সর্বশেষ সরকার পতনের আগে সরকার ছাত্র-জনতার আন্দোলনকে জামায়াত-শিবিরের আন্দোলন উল্লেখ করে।