মুন্নি সাহার বিরুদ্ধে পিলখানা হত্যাকাণ্ডে অংশ নেওয়া বিদ্রোহীদের উস্কে দেওয়ার অভিযোগ রয়েছে। সে সেনা অফিসারদের বিরুদ্ধে বিদ্রোহী সৈন্যদের ভুল বক্তব্য প্রচার করে ক্ষোভ আরও উস্কে দেয়।মুন্নির সাহার বিরুদ্ধে ভারতীয় গোয়েন্দা সংস্থার এজেন্ট হওয়ার অভিযোগ রয়েছে।তার বিরুদ্ধে অবৈধভাবে কোটি কোটি টাকার সম্পদ গড়ে তোলারও অভিযোগ রয়েছে।