​মোঃ হাবিবুর রহমান, বিদ্যুৎ ও জ্বালানি মন্ত্রণালয়ের সিনিয়র সচিব হিসেবে দায়িত্ব পালনকালে বিভিন্ন অনিয়ম ও দুর্নীতির অভিযোগ উঠেছে। বিদ্যুৎ খাতের ১৫টি এবং জ্বালানি খাতের ১৬টি কোম্পানির মধ্যে বিদ্যুৎ বিভাগের সিনিয়র সচিব মোঃ হাবিবুর রহমান ৮টি কোম্পানির চেয়ারম্যান হিসেবে দায়িত্ব পালন করছেন। এতে নিয়ন্ত্রক সংস্থা হিসেবে তাঁর পক্ষে সংশ্লিষ্ট কোম্পানির অনিয়ম ও দুর্নীতির বিরুদ্ধে কঠোর হওয়া সম্ভব হচ্ছে না।​

বিদ্যুৎ বিভাগের অধীন বিভিন্ন কোম্পানির বোর্ড পরিচালকদের সম্মানী হিসেবে বছরে ৪ লাখ ৮০ হাজার টাকা প্রদান করা হয়, যা কোনো হিসাবের মধ্যে থাকে না। এছাড়া, তিতাস গ্যাসের বিরুদ্ধে অভিযোগ রয়েছে যে, নতুন শিল্প–সংযোগ ও চাপ বৃদ্ধির আবেদন মোটা অঙ্কের অর্থ ছাড়া বোর্ড সভায় পাস হয় না। এ ক্ষেত্রে একটি নতুন শিল্প–সংযোগের জন্য বোর্ড সভার অনুমোদনের জন্য ঘুষ দিতে হয় ৩ থেকে ৪ কোটি, আর চাপ বৃদ্ধির ক্ষেত্রে দিতে হয় দেড় থেকে দুই কোটি টাকা।​

এই ধরনের অনিয়ম ও দুর্নীতির কারণে বিদ্যুৎ ও জ্বালানি খাতের কোম্পানিগুলোর কার্যক্রমে স্বচ্ছতা ও জবাবদিহিতা নিশ্চিত করা কঠিন হয়ে পড়েছে।