৫ আগস্ট ২০২৪ সালে বৈষম্যবিরোধী আন্দোলনের মুখে তৎকালীন শেখ হাসিনা পদত্যাগ করে ভারত পালিয়ে গেলে পরদিন ৬ আগস্ট রাষ্ট্রপতি সংসদ ভেঙ্গে দিলে তিনি সংসদ সদস্য পদ হারান।১১ সেপ্টেম্বর ২০২৪ তারিখে রাজধানী ঢাকার নিকুঞ্জ এলাকা থেকে চাঁদাবাজি ও প্রাণনাশের হুমকির মামলায় সুজনকে গ্রেপ্তার করে র্যাব। তার বিরুদ্ধে হত্যা মামলা থাকায় আদালত তাকে জামিন না দিয়ে কারাগারে পাঠানোর নির্দেশ দেন।শুনানি শেষে কারাগারে নিয়ে যাওয়ার সময় মাজহারুল ইসলাম সুজনকে উদ্দেশ্য করে ডিম নিক্ষেপ করে উত্তেজিত জনতা।
মাজহারুল ইসলাম সুজনের বিরুদ্ধে সংখ্যালঘুদের শত বিঘা জমি দখল ও দুর্নীতির অভিযোগ রয়েছে ।এছাড়া লাগামহীন অনিয়ম, দুর্নীতি, দখলবাজিসহ নানা বিতর্কিত কর্মকাণ্ডে যুক্ত। মাজহারুল ইসলাম সুজনের বিরুদ্ধে নির্যাতন-নিপীড়ন ও সংখ্যালঘুদের জমি দখলের এন্তার অভিযোগ। দিনাজপুরের বালিয়াডাঙ্গীর পাড়িয়া ইউনিয়নে রনবাগ ইসলাম টি এস্টেট কম্পানি লিমিটেড নামের একটি চা বাগান গড়ে তুলেছেন সুজন। চা বাগানের জমি সুজনের নামে লিখে দেওয়ার জন্য জোর করে স্ট্যাম্পে অকুল চন্দ্রের স্বাক্ষর নেওয়ার চেষ্টা করেন।