২০১৯ সালের ১৩ অক্টোবর সেতু বিভাগের তৎকালীন জ্যেষ্ঠ সচিব খন্দকার আনোয়ারুল ইসলামকে মন্ত্রিপরিষদ সচিব পদে নিয়োগ দেয় হাসিনা সরকার।বে ২০১৯ সালের ৯ ডিসেম্বর তাকে এক বছরের জন্য মন্ত্রিপরিষদ সচিব হিসেবে চুক্তিভিত্তিক নিয়োগ দেওয়া হয়। পরের বছর ১৬ ডিসেম্বর থেকে আরও দুই বছরের জন্য বাড়ানো হয় চুক্তির মেয়াদ।
সরাসরি কোনো নেতিবাচক কাজে জড়িত না থাকলেও বিভিন্ন ব্যক্তি ও প্রতিষ্ঠানকে বড় বড় কাজ পাইয়ে দিতে অসংখ্য তদবির করেছেন প্রভাবশালী এই আমলা। তার প্রভাবেই কোনোরকম টেন্ডার ছাড়াই পদ্মা সেতুর টোল আদায়ের দায়িত্ব পেয়েছে একই প্রকল্পের পরামর্শকের দায়িত্বে থাকা কোরিয়ান এক্সপ্রেসওয়ে করপোরেশন (কেইসি) ও চায়না মেজর ব্রিজ ইঞ্জিনিয়ারিং কোম্পানি লিমিটেড (এমবিইসি)। ঢাকার বিমানবন্দর থেকে গাজীপুর পর্যন্ত নির্মাণ করা হচ্ছে দেশের প্রথম বাস র্যাপিড ট্রানজিট (বিআরটি) প্রকল্পের ঠিকাদার চীনা কোম্পানি গেজুবার চেয়ারম্যানের সঙ্গে খন্দকার আনোয়ারের ঘনিষ্ঠতা সর্বজনবিদিত। ওই প্রকল্পে গার্ডার ধরে প্রাণহানির ঘটনার পরপরই মন্ত্রিপরিষদ সচিবের সঙ্গে সাক্ষাৎ করেন গেজুবার চেয়ারম্যান। ওই দুর্ঘটনার জন্য ঠিকাদারি প্রতিষ্ঠানকে দায়ী করে প্রতিবেদন দিয়েছে তদন্ত কমিটি। তদন্তের পর তিন মাসের বেশি সময় পার হলেও প্রতিষ্ঠানটির বিরুদ্ধে কোনো ব্যবস্থা নেওয়া হয়নি।
বৈষম্যবিরোধী ছাত্র আন্দোলনের সময় গুলি করে হত্যার ঘটনায় যাত্রাবাড়ী থানায় করা মামলায় সাবেক মন্ত্রিপরিষদ সচিব খন্দকার আনোয়ারুল ইসলামের নাম আছে।