২০০৯ থেকে ২০১৯ সাল পর্যন্ত আওয়ামী লীগ সরকারের তিন মেয়াদে সংসদ সদস্য ছিলেন খন্দকার মোশাররফ। প্রথমবার শ্রমমন্ত্রী, পরেরবার প্রবাসীকল্যাণ ও বৈদেশিক কর্মসংস্থানমন্ত্রী এবং সর্বশেষ স্থানীয় সরকার মন্ত্রণালয়ের দায়িত্বে ছিলেন। তিনি ও তাঁর অনুসারীদের বিরুদ্ধে রয়েছে হাজার হাজার কোটি টাকা দুর্নীতি আর লুটপাটের অভিযোগ। বহুল আলোচিত দুই হাজার কোটি টাকার মানি লন্ডারিংয়ের মামলায় তাঁর সহযোগীদের অনেকে এখনো কারাগারে।
২০০৮ সালে আওয়ামী লীগের মনোনয়নে ফরিদপুর-৩ আসন থেকে প্রথম সংসদ সদস্য নির্বাচিত হন খন্দকার মোশাররফ হোসেন। ২০০৯ সালে তিনি প্রবাসীকল্যাণ ও বৈদেশিক কর্মসংস্থানমন্ত্রী হন। এরপর ফরিদপুরের আওয়ামী লীগের রাজনীতিতে একচ্ছত্র নিয়ন্ত্রণ প্রতিষ্ঠা করেন। তাঁর অনুগত ব্যক্তিরা বিভিন্ন সরকারি সংস্থার উন্নয়নকাজের দরপত্র নিয়ন্ত্রণ, চাঁদাবাজি ও জমি দখল করে সম্পদের পাহাড় গড়ে তোলেন বলে অভিযোগ রয়েছে।
বিলাসবহুল ‘আফসানা মঞ্জিল’ বাড়ি নির্মাণে খাসজমি, এমনকি সংখ্যালঘুদের জমিও দখল করেছেন খন্দকার মোশাররফ।বাড়িটি সাবেক প্রধানমন্ত্রী ও আওয়ামী লীগ সভাপতি শেখ হাসিনার বেয়াই খন্দকার মোশাররফ হোসেনের।
গত ৫ আগস্ট সরকার পতনের পর খন্দকার মোশাররফ হোসেনের বিরুদ্ধে দুর্নীতির অভিযোগ অনুসন্ধানের সিদ্ধান্ত নিয়েছে দুর্নীতি দমন কমিশন (দুদক)। খন্দকার মোশাররফ হোসেনের বিরুদ্ধে ক্ষমতার অপব্যবহার, বিভিন্ন অনিয়ম ও দুর্নীতির অভিযোগ রয়েছে। তাঁর বিরুদ্ধে সরকারি অর্থ আত্মসাৎ করে নিজ নামে ও পরিবারের সদস্যদের নামে জ্ঞাত আয়বহির্ভূত সম্পদ অর্জনের অভিযোগ অনুসন্ধান করছে দুদক। তিনি বিদেশে পালিয়ে যাওয়ার চেষ্টা করছেন বলে দুদক জানতে পেরেছে। শুনানি নিয়ে আদালত খন্দকার মোশাররফ হোসেনের বিদেশযাত্রায় নিষেধাজ্ঞা দেন।